Παρά το γεγονός ότι τον 5ο μ.Χ. αιώνα η Ακαδημία των Αθηνών είχε χάσει την παλαιά της αίγλη, εν τούτοις συνέχιζε να θεωρείται ο πνευματικός ομφαλός της γης. Μπορεί να μην είχε στη διάθεσή της καθηγητές του ύψους ενός Πλάτωνα ή ενός Αριστοτέλη, διακρίνουμε όμως μορφές που προσδίδουν ιδιαίτερο μεγαλείο στις τελευταίες στιγμές της ζωής της μεγάλης σχολής. Περί τα μέσα του 5ου αιώνα ανέλαβε τη σχολαρχία ο περιβόητος Πρόκλος. Η Νεοπλατωνική σχολή υπό τη νέα διεύθυνση γνωρίζει τη μεγαλύτερή της ίσως ακμή. Ο καθηγητής Πρόκλος ήταν από κάθε άποψη ο ενδεδειγμένος για να ανορθώσει την Αθηναϊκή πνευματική δόξα. Μεγαλοπρεπής στην εμφάνιση, καθαρός, ευπρεπής και κόσμιος, προκαλούσε τη συγκίνηση και το θαυμασμό στα πλήθη των Ελλήνων. Χειριζόταν άνετα τον Πλάτωνα, τον Αριστοτέλη, τον Ευκλείδη και το Πτολεμαίο. Εκφωνούσε περίπου 5 λόγους ημερησίως και στο ίδιο χρονικό διάστημα έγραφε περί τις 700 σειρές δύσκολων φιλοσοφικών εννοιών. Ζούσε μοναχικά σαν ασκητής, θιασώτης της Πυθαγόρειας εκπαίδευσης. Η μεγαλύτερη όμως αξία του επικεντρωνόταν στο γεγονός ότι ήταν υπέρμαχος του αρχαίου πολυθεϊσμού. Διακατεχόμενος από βαθειά πίστη είχε συλλέξει όλες τις ιερές παραδόσεις της Ανατολής μη εξαιρουμένων και των χρησμών των Χαλδαίων. Φαίνεται παράδοξο, αλλά είναι βέβαιο πως ο Πρόκλος υπήρξε ο μεγαλύτερος και πλέον επικινδυνότερος πολέμιος του Χριστιανισμού, όταν κατά τη διαμάχη του μονοφυσιτισμού έγινε το μεταφυσικό αντίβαρο δίδοντας διέξοδο στα θρησκευτικά ερωτηματικά της εποχής του.
Το 485 μ.Χ. και μετά από βαριά ασθένεια ο Πρόκλος πέθανε και ενταφιάστηκε σε ανατολικό προάστιο των Αθηνών κοντά στο Λυκαβηττό δίπλα στο δάσκαλό του Συριανό. Μετά το θάνατό του το Πανεπιστήμιο Αθηνών αρχίζει να δείχνει τα πρώτα δείγματα παρακμής. Η αρχηγία της σχολής μεταφέρθηκε στον Μαρίνο από την Παλαιστίνη που ήταν πολύ αγαπητός στο δάσκαλό του Πρόκλου, τον βίο του οποίου συνέγραψε κι όλοι τον θεωρούσαν μέγα διάδοχό του. Σε καμία όμως περίπτωση και εξαιτίας της μη ασφαλούς υγείας του, δεν μπόρεσε να σταθεί στο ύψος του δασκάλου του Πρόκλου και να αντιμετωπίσει τις δυσχέρειες της θέσης του και έτσι η Αλεξάνδρεια άρχισε να παίρνει τα πρωτεία έναντι της Αθήνας. Καθηγητές διακεκριμένοι που είχαν σπουδάσει κοντά στο Πρόκλο, όπως ο Αμμώνιος, ο ιατρός Ιακώβου ο υδροψυκτικός που θεράπευσε τον αυτοκράτορα Ζήνωνα και ο Ασκληπιόδοτος, προσέλκυσαν πάρα πολλούς μαθητές στην Αλεξάνδρεια. Όσο ο Πρόκλος ήταν εν ζωή, εμπόδιζε με το ηθικό του ανάστημα τους Αθηναίους να συνδιαλλαγούν με την κυβέρνηση του κράτους και να εγκαταλείψουν την εθνική τους θρησκεία. Με το θάνατό του όμως όλα άλλαξαν. Οι χριστιανοί άρχισαν να ασκούν τρομερή πίεση στον Μαρίνο ο οποίος και αναγκάστηκε να διαφύγει στην Επίδαυρο προκειμένου να σώσει την ζωή του. Εξαιτίας της έλλειψης ανδρών με το ανάστημα του Πρόκλου η νέα γενιά Εθνικών βάδιζε προς την εξαφάνιση. Δεν έμενε τίποτα άλλο στον Μαρίνο από το να παραδώσει τη σχολαρχία της Ακαδημία στον φίλο του και φιλόσοφο Ισίδωρο από την Αλεξάνδρεια. Κι αυτός όμως κάτω από τις συνεχείς πιέσεις, στις αρχές του 6ου αιώνα επιστρέφει στην Αλεξάνδρεια και τη θέση του στη σχολή παίρνει ένας φιλόσοφος με αυστηρή αφοσίωση στην εθνική λατρεία. Επρόκειτο για τον Δαμάσκιο από τη Δαμασκό της Συρίας, ο οποίος όπως και ο Πρόκλος διέθετε πολυμερή μόρφωση. Ο Δαμάσκιος αγωνίστηκε να αναδείξει την διδασκαλία και τα πιστεύω του Πρόκλου και οδήγησε τον Ελληνισμό να πρωταγωνιστεί ξανά στη σκηνή του παγκόσμιου θεάτρου, προσελκύοντας πολλά από τα λαμπρά μυαλά της εποχής. Αυτό δημιούργησε το μένος της θρησκόληπτης αυτοκρατορικής αυλής η οποία απαίτησε από τους δασκάλους της σχολής να εγκαταλείψουν τα θεολογικά και να καταστήσουν το ίδρυμα μια απλή φιλοσοφική σχολή, πράγμα που όπως ήταν φυσικό δεν έγινε αποδεκτό.
Στις αρχές του 528 μ.Χ. ο Ιουστινιανός που είχε πάρει την αυτοκρατορική θέση στο Βυζάντιο, επέβαλε την κωδικοποίηση όλων των νόμων και διατάξεων του Ρωμαϊκού δικαίου που κατά περίπτωση είχαν θεσπιστεί. Έτσι νόμοι παλιοί, νόμοι αντιπαγανιστικοί και λόγω παρελθόντος του χρόνου ανενεργοί, έγιναν ξαφνικά επίκαιροι. Στις αρχές της άνοιξης του 529 μ.Χ. τα αποτελέσματα αυτής της εργασίας άρχισαν να γίνονται ορατά. Εντός 14 μηνών η δεκαμελής νομική επιτροπή υπό τον υπουργό Τριβωνιανό (υπουργός παιδείας) εκτέλεσε την αποστολή της και παρουσίασε τη πρώτη έκδοση του Ιουστινιάνειου κώδικα ο οποίος επικυρώθηκε από τον αυτοκράτορα τον Απρίλιο του 529 μ.Χ. Κι ενώ ο αυτοκράτορας προετοιμαζόταν να εισηγηθεί στην επιτροπή την επεξεργασία των Πανδεκτών, έδωσε εντολή να σταλούν αντίγραφα του κώδικα σε όλες τις πόλεις της Ελλάδας και φυσικά και στην Αθήνα.
Το 485 μ.Χ. και μετά από βαριά ασθένεια ο Πρόκλος πέθανε και ενταφιάστηκε σε ανατολικό προάστιο των Αθηνών κοντά στο Λυκαβηττό δίπλα στο δάσκαλό του Συριανό. Μετά το θάνατό του το Πανεπιστήμιο Αθηνών αρχίζει να δείχνει τα πρώτα δείγματα παρακμής. Η αρχηγία της σχολής μεταφέρθηκε στον Μαρίνο από την Παλαιστίνη που ήταν πολύ αγαπητός στο δάσκαλό του Πρόκλου, τον βίο του οποίου συνέγραψε κι όλοι τον θεωρούσαν μέγα διάδοχό του. Σε καμία όμως περίπτωση και εξαιτίας της μη ασφαλούς υγείας του, δεν μπόρεσε να σταθεί στο ύψος του δασκάλου του Πρόκλου και να αντιμετωπίσει τις δυσχέρειες της θέσης του και έτσι η Αλεξάνδρεια άρχισε να παίρνει τα πρωτεία έναντι της Αθήνας. Καθηγητές διακεκριμένοι που είχαν σπουδάσει κοντά στο Πρόκλο, όπως ο Αμμώνιος, ο ιατρός Ιακώβου ο υδροψυκτικός που θεράπευσε τον αυτοκράτορα Ζήνωνα και ο Ασκληπιόδοτος, προσέλκυσαν πάρα πολλούς μαθητές στην Αλεξάνδρεια. Όσο ο Πρόκλος ήταν εν ζωή, εμπόδιζε με το ηθικό του ανάστημα τους Αθηναίους να συνδιαλλαγούν με την κυβέρνηση του κράτους και να εγκαταλείψουν την εθνική τους θρησκεία. Με το θάνατό του όμως όλα άλλαξαν. Οι χριστιανοί άρχισαν να ασκούν τρομερή πίεση στον Μαρίνο ο οποίος και αναγκάστηκε να διαφύγει στην Επίδαυρο προκειμένου να σώσει την ζωή του. Εξαιτίας της έλλειψης ανδρών με το ανάστημα του Πρόκλου η νέα γενιά Εθνικών βάδιζε προς την εξαφάνιση. Δεν έμενε τίποτα άλλο στον Μαρίνο από το να παραδώσει τη σχολαρχία της Ακαδημία στον φίλο του και φιλόσοφο Ισίδωρο από την Αλεξάνδρεια. Κι αυτός όμως κάτω από τις συνεχείς πιέσεις, στις αρχές του 6ου αιώνα επιστρέφει στην Αλεξάνδρεια και τη θέση του στη σχολή παίρνει ένας φιλόσοφος με αυστηρή αφοσίωση στην εθνική λατρεία. Επρόκειτο για τον Δαμάσκιο από τη Δαμασκό της Συρίας, ο οποίος όπως και ο Πρόκλος διέθετε πολυμερή μόρφωση. Ο Δαμάσκιος αγωνίστηκε να αναδείξει την διδασκαλία και τα πιστεύω του Πρόκλου και οδήγησε τον Ελληνισμό να πρωταγωνιστεί ξανά στη σκηνή του παγκόσμιου θεάτρου, προσελκύοντας πολλά από τα λαμπρά μυαλά της εποχής. Αυτό δημιούργησε το μένος της θρησκόληπτης αυτοκρατορικής αυλής η οποία απαίτησε από τους δασκάλους της σχολής να εγκαταλείψουν τα θεολογικά και να καταστήσουν το ίδρυμα μια απλή φιλοσοφική σχολή, πράγμα που όπως ήταν φυσικό δεν έγινε αποδεκτό.
Στις αρχές του 528 μ.Χ. ο Ιουστινιανός που είχε πάρει την αυτοκρατορική θέση στο Βυζάντιο, επέβαλε την κωδικοποίηση όλων των νόμων και διατάξεων του Ρωμαϊκού δικαίου που κατά περίπτωση είχαν θεσπιστεί. Έτσι νόμοι παλιοί, νόμοι αντιπαγανιστικοί και λόγω παρελθόντος του χρόνου ανενεργοί, έγιναν ξαφνικά επίκαιροι. Στις αρχές της άνοιξης του 529 μ.Χ. τα αποτελέσματα αυτής της εργασίας άρχισαν να γίνονται ορατά. Εντός 14 μηνών η δεκαμελής νομική επιτροπή υπό τον υπουργό Τριβωνιανό (υπουργός παιδείας) εκτέλεσε την αποστολή της και παρουσίασε τη πρώτη έκδοση του Ιουστινιάνειου κώδικα ο οποίος επικυρώθηκε από τον αυτοκράτορα τον Απρίλιο του 529 μ.Χ. Κι ενώ ο αυτοκράτορας προετοιμαζόταν να εισηγηθεί στην επιτροπή την επεξεργασία των Πανδεκτών, έδωσε εντολή να σταλούν αντίγραφα του κώδικα σε όλες τις πόλεις της Ελλάδας και φυσικά και στην Αθήνα.